Erste Überlegungen zur Eingliederung des Potsdamer Filmmuseums in die HFF "Konrad Wolf" gab es bereits 1990/91 im Rahmen der strukturellen Erneuerung der Hochschule nach der Übernahme in das gesamtdeutsche Hochschulsystem, doch das Filmmuseum wurde ab 1991 zunächst als selbstständige Landeseinrichtung weitergeführt zugeordnet zur Stiftung Preußische Schlösser und Gärten Berlin-Brandenburg.
Mit dem Gesetz über Ziele und Vorgaben zur Modernisierung der Landesverwaltung vom 10. Juli 2003 wurde der Auftrag formuliert, das Filmmuseum Potsdam ganz oder teilweise aus der Landesverwaltung auszugliedern. Nach der Prüfung unterschiedlicher Optionen ergab sich die Integration in die HFF als sinnvolle und nachhaltige Lösung, um den Erhalt des Filmmuseums zu sichern.
Am Dienstag, den 21. Juni 2011, informiert Wissenschaftsministerin Prof. Dr. Sabine Kunst das Kabinett über die offizielle Zusammenführung zum 1. Juli 2011, das Filmmuseum wird künftig als In-Institut der HFF unter der Doppelleitung von Dr. Bärbel Dalichow und Prof. Dr. Michael Wedel, Professor für Mediengeschichte an der HFF, weitergeführt. Ministerin Kunst: „Mit der Integration kann eine langfristige personelle, finanzielle und strukturelle Stabilisierung des Filmmuseums erreicht werden. Die bisherigen drei Säulen des Filmmuseums – Sammlung, Museum, Kino – sollen dabei erhalten bleiben. Zugleich eröffnen sich mit diesem Schritt neue Perspektiven für die künftige Entwicklung des Wissenschafts-, Medien- und Kulturstandorts Neuer Markt in Potsdam, aber auch für Lehre und Forschung an der HFF.“