Mit dem Hochschulrecht der BRD entfällt auch für die HFF als künstlerischer Lehranstalt die Berechtigung, wissenschaftliche Institute zu führen. Um das Konzept einer systematischen Ausbildung, bei der künstlerisch-praktische und wissenschaftlich-theoretische Ausrichtungen einander ergänzen, aufrecht zu erhalten, soll das 1990 gegründete Institut für Medienforschung in einen neuen Studiengang "AV-Medienwissenschaft" integriert werden - so auch die Empfehlung des "Ausbildungs- und Strukturausschuss", der durch Minister Hinrich Enderlein im November 1991 für die Hochschule bestellt wurde.
1992 wird der spätere Rektor und Präsident der HFF, Prof. Dr. Dieter Wiedemann, zum Gründungsbeauftragten des Studiengangs ernannt. Mit Schreiben vom 30. April 1993 wird die Prüfungsordnung durch das MWFK bestätigt und zum Wintersemester 1993/1994 beginnen die ersten sechs Studierenden ihr Studium.
Zunächst als fünfsemestriges Hauptstudium mit Diplom-Abschluss konzipiert, soll mit diesem neuen Angebot die wissenschaftliche Reflexion der künstlerischen Praxis an der Babelsberger Filmhochschule institutionalisiert werden. Das Profil des Studiengangs besteht von Anfang an aus einer Verbindung von Theorie und Praxis mit dem Ziel, den Absolvent*innen die nötige Grundlage für eine konzeptionelle Tätigkeit an der Schnittstelle von Produktion, Redaktion, Publikum und begleitender Wissenschaft mit auf den Weg zu geben. Die Verankerung in einer Film- und Fernsehhochschule und die Nähe zum Studiogelände Babelsberg gewährleisten dabei eine enge Verbindung zur Medienpraxis.
Nach dem erfolgreichen Aufbau des Lehrangebots kann sich der Studiengang auch verstärkt in der internationalen Medienforschung profilieren – immer im Fokus: die zeitnahe Befassung mit aktuellen Entwicklungen in der Medienbranche. So wird zum Beispiel bereits 1998 die Rolle von neuen Medien in Museen erforscht, 1999 das Genre der Dokusoap oder die Rolle weiblicher Ermittler in Krimiserien. 2001 erhält der Studiengang konsequenterweise das Recht zur Verleihung des akademischen Grades „Dr. phil.“. Aus den Erfahrungen mit Lehre und Forschung ist das so genannte „Babelsberger Modell“ hervorgegangen. Ein multiperspektivischer Ansatz, der es gestattet, komplexe Medienphänomene zu untersuchen, indem er die ästhetisch-dramaturgischen Strukturen von audiovisuellen Medien in Bezug mit den Rezeptionsprozessen der Zuschauer*innen setzt und diese mit gesellschaftlichen, sozialen, kulturellen, ökonomischen und historischen Kontexten verbindet.
Im Zuge der Bologna-Reform wird aus dem Diplom-Studiengang zum Wintersemester 2006/2007 der noch stärker forschungsorientierte „Master Medienwissenschaft“. Für die Einführung des neuen Studienmodells baut die Hochschule nicht nur auf die eigenen Kompetenzen, sondern etabliert einen Beirat aus 21 Expert*innen aus Wissenschaft und Medienpraxis, darunter auch erfolgreiche Alumni der ersten Stunde, wie z.B. Margret Albers, langjährige Leiterin des Kinder-Film- und Fernsehfestivals Goldener Spatz. Schon beim Gründungssymposium des Masters sind der digitale Wandel und sein Einfluss auf die Mediennutzung ein viel diskutiertes Thema. Heute ist die konzeptionelle Begleitung und kritische Reflexion aller Prozesse der Digitalisierung grundlegender Bestandteil des Lehrangebots.