Auf die Bekanntmachung der Neufassung des Hochschulrahmengesetzes vom 19. Januar 1999 folgt die Reform des brandenburgischen Hochschulrechts durch die Novelle des Brandenburgischen Hochschulgesetzes (BbgHG) vom 20. Mai 1999.
Einem Leitbild folgend, das mit ähnlicher Zielsetzung in zahlreichen Novellen der Hochschulgesetze der Länder umgesetzt worden ist, zielt es auf eine Reform der Organisationsstrukturen ab, die vor allem durch eine Stärkung der Leitungsorgane (Präsidentin oder Präsident; Dekanin oder Dekan) charakterisiert ist. Den Kollegialorganen verbleiben Grundsatz- und Kontrollkompetenzen.
Weitere Eckpunkte dieses Leitbildes sind die Einbindung hochschulexterner Kräfte durch Hochschulräte, neue staatliche Steuerungstechniken, Evaluation (Bewertung und Beurteilung) und leistungsorientierte Vergabe von Personal- und Sachmitteln.
Konkret heißt das u.a. für die HFF: Der Rektor heißt jetzt Präsident. Der Prorektor heißt jetzt Vizepräsident. Das Rektorat heißt demzufolge Präsidialkollegium. Das Rektoratsbüro ist nun ein Präsidialamt. Die Abteilungen heißen jetzt Fachbereich. Demzufolge heißt der Abteilungsrat jetzt Fachbereichsrat. Die Fachbereiche können in Fakultäten untergliedert werden. Zentrale Hochschulorgane sind die Präsidentin oder der Präsident und der Senat. Es wird ein Landeshochschulrat gebildet, der für alle brandenburgischen Hochschulen zuständig ist. "Er unterstützt die Hochschulen bei der Wahrnehmung ihrer Aufgaben und bei der Zusammenarbeit mit dem zuständigen Mitglied der Landesregierung. Er soll zu seiner Beratung und zur Beratung der Hochschulen einen Hochschulrat für die jeweilige Hochschule einrichten. Das Nähere regelt die Geschäftsordnung des Landeshochschulrates." Eine Änderung der Grundordnung wird ebenso notwendig wie die Neuwahl der Gremien.
Die Novelle erfuhr seitens der Hochschulen Kritik (bis hin zu einer erfolglosen Verfassungsbeschwerde), so auch Leiter Dezernat 3, Ulrich Raschke, über die Novelle, "die von der zuständigen politischen Instanz zwar mit inbrünstiger Überzeugung angepriesen wird, gleichwohl aber einen durchschlagenden Verkaufserfolg bislang vermissen läßt. Möglicherweise liegt es ja daran, daß Peter Glotz mit seiner Vermutung Recht hatte, die Universitäten seien im Kern verrottete Vereine. Anderenfalls ist mir nicht recht erklärlich, weshalb acht (von neun) Hochschulen und eine einstimmige LRK (Landesrektorenkonferenz) sich wie undankbare Kindlein aufspielen und die von ihrem fürsorglichen Ministervater erdachten Verbesserungen ablehnen. Es sei denn, der eine oder andere der Verweigerer hätte bemerkt, daß sich hinter dem Hochglanzargument "mehr Selbständigkeit für die Hochschulen" eine sowohl unpraktische als auch tendenziell unzulässige Verkürzung des Autonomiebegriffs auf die pure Finanzhoheit verbirgt. In einem solchen Fall wäre es durchaus erlaubt und angemessen gewesen, mittels leise grummelnder Widerrede auf entstehende Befindlichkeiten hinzuweisen. Wenn dann aber noch dazukommt, daß die Hochschulen bei der Ausgestaltung ihrer Leitungsstrukturen künftig die Freiheit der Wahl zwischen genau einem betriebswirtschaftlichen Auslaufmodell haben werden, wird auch lautes Grummeln durchaus verständlich. Tritt als weitere Erkenntnis noch hinzu, daß der Hochschulrat (an dessen Beschickung die Hochschulen wegen der butterweichen Benehmensklauseln keinen durchsetzbaren Einfluß haben werden) neben gut gemeinten Beratungskompetenzen (die, ohne bleibenden Schaden anzurichten, folgenlos in der Unverbindlichkeit versickern dürften) über das alleinige Vorschlagsrecht für das Präsidentenamt verfügt, ist in meinen Augen die Ausrufung der Revolution berechtigt." (Durchblick 2/1999)