Mit dem Vertrag zwischen der Bundesrepublik Deutschland und der Deutschen Demokratischen Republik über die Herstellung der Einheit Deutschlands (Einigungsvertrag) vom 31. August 1990 (BGBl. 1990 II S. 889) tritt auch Kompetenzordnung des Grundgesetzes für die wiedereingerichteten ostdeutschen Bundesländer in Kraft.
Hochschulpolitik wird zur Ländersache und die HFF der Kulturhoheit des Landes Brandenburg unterstellt, das sich mit der Landtagswahl am 14. Oktober konstituierte - gebildet aus den vorherigen Verwaltungsbezirken Frankfurt (Oder), Cottbus und Potsdam. Am 1. November 1990 tritt Hinrich Enderlein das Amt als Minister für Wissenschaft, Forschung und Kultur unter Ministerpräsident Manfred Stolpe an und ist damit für die Belange der Filmhochschule zuständiger oberster Dienstherr.
Dennoch wird dem Thema "Wissenschaft und Forschung" im Einigungsvertrag ein eigener Artikel (38) gewidmet und in Absatz (1) die Begutachtung u.a. der öffentlichen Hochschulen durch den Wissenschaftsrat festgelegt zur "notwendigen Erneuerung von Wissenschaft und Forschung unter Erhaltung leistungsfähiger Einrichtungen" mit dem Ziel der Durchführung bis zum 31. Dezember 1991.